本校原創立於民國三十五年四月，名為澎湖縣立西嶼初級中學，顏榮華先生為首任校長，翌年由徐東齊先生接篆。民國三十八年秋，省令併入省立馬公中學，迨五十二年六月，設置縣立白沙初級中學西嶼分部，復於五十七年元月十五日，奉准獨立設校恢復原名為澎湖縣立西嶼初級中學，並派柯松濤先生為校長，同年九月實施九年教乃改制為澎湖縣立西嶼國民中學。

    六十四年四月十七日，柯校長奉命調派為嘉義縣過溝國中校長，並派梁宗禮先生接任本校校長。六十八年四月十三日梁校長奉命調任臺南縣將軍國中校長，省府並派陳耀明先生接任。七十五年二月，陳校長奉令派為澎湖縣澎南國中校長，省府派任林亨華先生接掌校長。七十九年二月，林校長奉令調派澎湖縣湖西國中，省府派任徐銘哲先生 接掌校務。八十一年三月，徐校長奉令調派為嘉義縣鹿草國中校長，省府派鄭添籠先生接掌校務。 九十五年二月鄭添籠先生退休，縣府派黃如禮主任代理校長。九十五年八月一日縣府調派夏才能先生接掌校務。一百年八月夏校長調任湖西國中，縣府派林清茶女士接掌校務。一百零四年八月林校長調任澎南國中，縣府派顏文志校長到任。一百零七年二月顏文志校長退休，縣府派鄭之偉主任代理校長。一百零七年八月縣府派夏才能校長接掌校務。

    夏校長到任以來， 本著全人教育、溫馨校園、終身學習、知識管理四個辦學理念，力求建構多元學習的環境；推動校園文化、塑造學校新形象；以孩子學習為核心價值，營造學習型組織，促進資源共享的學習環境。